rdkit

概览

d13/u24/el10 rdkit build by pigsty, u24/el10 deps on inchi

版本

构建

您可以使用 pig build 命令构建 rdkit 扩展的 RPM / DEB 包：

pig build pkg rdkit         # 构建 RPM / DEB 包

安装

您可以直接安装 rdkit 扩展包的预置二进制包，首先确保 PGDG 和 PIGSTY 仓库已经添加并启用：

pig repo add pgsql -u          # 添加仓库并更新缓存

使用 pig 或者是 apt/yum/dnf 安装扩展：

• 安装
• pig
• dnf
• apt

pig install rdkit;          # 当前活跃 PG 版本安装

pig ext install -y rdkit -v 18  # PG 18
pig ext install -y rdkit -v 17  # PG 17
pig ext install -y rdkit -v 16  # PG 16
pig ext install -y rdkit -v 15  # PG 15
pig ext install -y rdkit -v 14  # PG 14

dnf install -y rdkit_18       # PG 18
dnf install -y rdkit_17       # PG 17
dnf install -y rdkit_16       # PG 16
dnf install -y rdkit_15       # PG 15
dnf install -y rdkit_14       # PG 14

apt install -y postgresql-18-rdkit   # PG 18
apt install -y postgresql-17-rdkit   # PG 17
apt install -y postgresql-16-rdkit   # PG 16
apt install -y postgresql-15-rdkit   # PG 15
apt install -y postgresql-14-rdkit   # PG 14

创建扩展：

CREATE EXTENSION rdkit;

用法

• 来源：project README，cartridge docs，2025.03.6 release

RDKit 自带 PostgreSQL cartridge，用于化学信息学场景下的分子存储、检索、指纹和描述符计算。cartridge docs 仍然是主要的上游用法参考；2025.03.6 release note 没有提到 cartridge 相关的用户侧变化。

创建扩展

CREATE EXTENSION rdkit;

该 cartridge 会增加 mol、bfp 和 sfp 等化学类型。

核心搜索操作符

cartridge 文档覆盖了以下内容：

• @> 和 <@：用于子结构匹配。
• @=：用于分子精确相等判断。
• %、<%> 和 <#> 这一类指纹相似度与 KNN 操作符：用于相似性搜索。

这些操作通常会和建在指纹列上的 GiST 索引一起使用。

指纹与相似度

文档中常见的 SQL 指纹函数包括 morgan_fp、morganbv_fp、featmorgan_fp、rdkit_fp、atompair_fp、torsion_fp、layered_fp 和 maccs_fp。

cartridge docs 中的示例：

SELECT tanimoto_sml(
  morganbv_fp('c1ccccc1'::mol),
  morganbv_fp('c1ccccc1O'::mol)
);

描述符与校验

cartridge docs 还公开了校验与描述符辅助函数，例如：

• is_valid_smiles()
• is_valid_ctab()
• is_valid_smarts()
• mol_amw()
• mol_hba()
• mol_numrings()

这些函数构成了 SQL 层面对分子结构做分析时最主要的用户接口。